====== Makro jazyk ======

  * umožňuje sestavovat příkazy do skupin,
  * vytvářet varianty zpracování s různými parametry,
  * provádět hromadné zpracování v rámci studie.
 
**Dělení příkazů:**

  * funkce kanálnické - příkaz je vázán pouze na jeden kanál
  * funkce jednorázové - příkaz se provede postupně pro všechny kanály








====== Funkce kanálnické ======
^ Příkaz ^ Funkce ^ Parametry ^ Implementace  ^ Poznámka ^
| | | | | |   
|AVG([-3 5 **1 2 4**], 'mean,std,median,selected'); | průměr pro jednu i více modalit|** -3 5** zobrazení před a po stimulu v  sec;** 1 2 4** jsou vybrané modality v pořadí segmentace (např. 1-TG, 2-FQ, 3-dis 4-Reakce ), **selected** počítá poue s vybranými trialy definovanými v HDF souboru, varianta je tlačítko //Select Trials//| neúplné segmenty do průměru nejdou |  průměr pro velká data, lze i median (nutno ale počítat po bodech)|  
|DEC(64); | decimace | konečná vzorkovací frekvence |  | **DOPLNIT kontrolu ztráty úzkých trigerů**  |
|filtr(0,40);|FFT filtr | od - do Hz|   |OK | 
|PD('trials'); |vykreslí průměr/celý jeden kanál | segmentovaná data předchází-li někde příkaz AVG, který vytvoří stejnojmenné pole **data.AVG**, **'trials'** segmenty přes sebe / nesegmentovaná data; | | | 
|PD('r'); | viz. výše | **'r'** [[#definice barev | RGB definice barev]] | | | 
|PD([0 1 0]); | viz. výše | **[0 1 0]** [[#definice barev | RGB definice barev]] | | | 
|PD(); | standardní nastavení  | ostatní viz. výše | | | 
|PDS(['periodogram,Blackman']); | spektrum signálu váhovaného oknem | [[#definice váhovacích oken | definice váhovacích oken]], [[#Spectral Estimation Methods | metody pro odhad spektra]]  | | |   
|power(0,40);| komplexní demodulace | od - do Hz|   |OK | 
|SAVE('filter/0-40/'); |ulož do HDF |  |   |OK - vždy zapisovat dvě úrovně |
|shiftCH('segments'); | manipulace s datovým kanálem | '**segments**' - sestaví jednotlivé segmenty za sebou do jedné časové řady, **bez artefaktů**, **bez neúplných segmentů**, délka segmentu a poloha trigeru jsou dány předchozím příkazem **AVG** | | příkazu musí předcházet AVG, který vytvoří indexy segmentů |  
|shiftCH('segments,all'); | manipulace s datovým kanálem | '**segments**' - viz výše, zahrnuje všechny trialy **včetně artefaktů a neúplných segmentů** - ty jsou doplněny nulami | | příkazu musí předcházet AVG, který vytvoří indexy segmentů |  





====== Funkce jednorázové ======
^ Příkaz ^ Funkce ^ Parametry ^ Implementace  ^ Poznámka ^
| | | | | |   
|EX(w); |export dat |w  - Scopewin, formát: nesegmentovaný | export pouze všech kanálů, chybějící jsou vynechány FIXME | OK |  
|file2HDF5(); |data a parametry do HDF5  |  | | OK | 
|h5repack(); | přealokuje a zkomprimuje HDF5 soubor  |  | ve FileList a sloupci A je vhodné nastavovat 100| | 
|SEGM([500 10 2000 3000 1540 1555],[TG nonTG dis]);  |segmentace dle trigerů |[min.detekční úroveň,délka trigeru v bodech, dolní mez 1, horní mez 1, dm2, hm2,... ]   | - pokud je velikost trigeru jeden bod - 0 digitální triger - OK - pokud je délka trigeru větší než jeden bod, je třeba upravit databin a nastávají tyto možnosti: 1 - bere se první bod, 2 - bere se maximum mezi prvním a posledním bodem, 3 - bere se průsečík s nástupnou hranou v předepsané hladině)) | 0 - OK; 1,2,3 není hotovo  |    
|SEGMsel(stimuly,[8 3 1 1]); |výběr trigrovacího kanálu|název kanálu| |  |
|song(); | zapět song | | |  OK |  
|PRN('on') | automatický tisk | 'on'/ 'off' | automaticky se vypne po posledním příkazu na řádku |  |  
| remtrend(); | odtranění trendu (spádu a stejnosměrné složky)| | lineání metoda | |   
====== Funkce obslužné ======
^ Příkaz ^ Funkce ^ Parametry ^ Implementace  ^ Poznámka ^
| | | | | |   
| { | ve sloupci s názvem souboru otevírá skupinu příkazů | | | |    
| } | ve sloupci s názvem souboru uzavírá skupinu příkazů | | | |    
|SP(baseline,[0.6 0.05]); | baselina | umístění před trigrovací značkou | | 07/01/16 | 
|SP(FDRinTime,[ compute t1 t2]); | FDR korekce | FDR pro x časových bodů za sebou v daném intervalu | compute = 1/0, t1,t2 v sekundách | 07/01/16 |   
|SP(nextTrigLines,[x1 x2 ... xn]); | svislá čára | označení časových úseků | | 07/01/16 |   
|SP(win,on); | zapnutí zápisu do jednoho okna, vše následující se vykreslí do jednoho okna | | | |    
|SP(win,off); | vypnutí zápisu do jednoho okna, následující křivka bude vykreslena do samostatného okna | | | automaticky spouští //SP(cmap)//, lze předem vypnout //SP(cmap,off)//|    
|SP(cmap,par);SP(cmap); | nastavení pořadí barev při vykreslení více křivek| **nic**=default, **off/on**=ne/bude použito v aut. modu,   ...    | colorMap | |    

====== Příklady ======


**Vykreslení variant (setX) zpracování pro každý kanál zvlášť (1-4) do jednoho okna** (způsob zápisu, výsledek)**:**  

{{:menu_a_ovladani_programu:commandspwin.png?900|}}
{{:menu_a_ovladani_programu:spwin1.png?500|}}

**Vykreslení více kanálů (1-4) pro set34 do jednoho okna** (způsob zápisu, výsledek)**:**  

{{:menu_a_ovladani_programu:commandspwin2.png?900|}}
{{:menu_a_ovladani_programu:spwin2.png?500|}}

  * kombinovat lze libovolné varianty zpracování (PW, filtrace v různých pásmech), kanály i různé datové soubory
  * funkci //vykreslení do jednoho okna//  lze potlačit z Menu->Options->**Force to Separate Wins** -  křivky se budou vykreslovat do samostatných oken, jako by //SP(win,on)// nebylo použito


**Vykreslení vybraného kanálu z více souborů do jednoho okna** (způsob zápisu, výsledek)**:** 

====== Low Level funkce ======

^ Funkce ^ Parametry ^ Typ ^  ^ Poznámka ^ Kontrola ^
|HDF52scopewin | (filepath, filename, command) | | Uloží libovolné kanály do Scopewinu |Zobecnit hledání v HDF5 a uložit samostatně - obecné řešení|  |

  

====== Definice barev ======

^ RGB Value ^ Short Name ^ Long Name ^ 
| [1 1 0] | y | yellow  | 
| [1 0 1] | m | magenta | 
| [0 1 1] | c | cyan    |
| [1 0 0] | r | red     |  
| [0 1 0] | g | green   | 
| [0 0 1] | b | blue    |
| [1 1 1] | w | white   |
| [0 0 0] | k | black   |


====== Definice váhovacích oken ======

  * 'Bartlett'
  * 'Bartlett-Hanning'
  * 'Blackman'
  * 'Blackman-Harris'
  * 'Bohman'
  * 'Chebyshev'
  * 'Flat Top'
  * 'Gaussian'
  * 'Hamming'
  * 'Hann'
  * 'Kaiser'
  * 'Nuttall'
  * 'Parzen'
  * 'Rectangular'
  * 'Taylor'
  * 'Triangular'
  * 'Tukey'
  * 'User Defined'



====== Spectral Estimation Methods ======

^ **Method**  ^ **Command** ^ **Description** ^  ** spectrum.estmethod** ^ **Corresponding Function** ^
| Periodogram | **periodogram** | Power spectral density estimate | spectrum.periodogram | periodogram |
| Welch | **welch** | Averaged periodograms of overlapped, windowed signal sections | spectrum.welch | pwelch | 
| Burg  |  -  | Autoregressive (AR) spectral estimation of a time-series by minimization of linear prediction errors | spectrum.burg | pburg |
| Covariance | **cov** | Autoregressive (AR) spectral estimation of a time-series by minimization of the forward prediction errors | spectrum.cov | pcov |
| Modified Covariance | **mcov** | Autoregressive (AR) spectral estimation of a time-series by minimization of the forward and backward prediction errors | spectrum.mcov | pmcov |
| Eigenvector |  -  | Pseudospectrum estimate | spectrum.eigenvector | peig |  
| Thompson multitaper | **mtm** | Spectral estimate from combination of multiple orthogonal windows (or "tapers") | spectrum.mtm | pmtm | 
| MUSIC | | Multiple Signal Classification | spectrum.music | pmusic |
| Yule-Walker AR  |  -  | Autoregressive (AR) spectral estimate of a time-series from its estimated autocorrelation function | spectrum.yulear | pyulear |